Grazie agli inventari dei beni conservati in archivio, possiamo farci un’idea precisa del patrimonio dello Spedale: si stimano - per il solo spedale della Misericordia - terreni per quasi 300 ettari nel 1352, raddoppiati nel 1427, che venivano dati in affitto, a mezzadria o coltivati direttamente.

Certamente anche le spese degli spedali erano ingenti: per le nuove costruzioni occorrono materie prime e manovalanze; per la gestione quotidiana panni, cibo, medicine, stipendi interni ed esterni, balie, becchini.

Le carestie, la peste e soprattutto il sacco del 1512 determinarono tuttavia una brusca battuta d’arresto alla crescita degli Spedali, provocando un notevole dissesto finanziario, che portò alla decisione di Cosimo I di riunire lo Spedale della Misericordia allo Spedale di San Silvestro in un unico ente.

Dal 1545 inizia pertanto la storia del vero e proprio Spedale della Misericordia e Dolce, che prosegue le attività assistenziali dei due enti precedenti, ormai sotto il più stretto controllo amministrativo dello stato fiorentino che durerà fino al 1778, quando con Motuproprio di Pietro Leopoldo lo Spedale tornerà alle dipendenze del Comune di Prato. Nuovi cambiamenti istituzionali nel corso dell’800, portarono lo Spedale progressivamente sotto il controllo granducale, per poi passare all’amministrazione centralizzata del Regno d’Italia dal 1859.

L'archivio dell'Ospedale della Misericordia e Dolce, benché ancora formalmente di proprietà della USL 4 di Prato, è tra gli archivi che hanno formato il nucleo originario dell'Archivio di Stato di Prato fin dalla sua istituzione nel 1957.