La chiesa di San Barnaba, probabilmente realizzata proprio per lo Spedale nella prima metà del ‘200, presenta esternamente elementi di stile romanico pratese ed è arricchita all’interno con affreschi che fanno parte delle più precoci testimonianze di pittura a Prato. Il più antico ciclo è legato al culto della Maddalena, che si vede affrescata nella parte destra della cappella.

Tra la metà del Trecento e il Quattrocento, lo Spedale vide numerosi ampliamenti, resi possibili grazie alle generose donazioni che via via incrementarono il patrimonio economico dell'ente.

• Una delle costruzioni più rilevanti fu il Pellegrinaio nuovo, da destinarsi al ricovero dei soli infermi di sesso maschile. I documenti testimoniano i lavori di muratura e gli abbellimenti interni che culminarono della decorazione della scena del Giudizio universale prima della peste del 1348.

• A fine Quattrocento venne realizzato il Palazzo degli Spedalinghi, grande edificio che andò ad inglobare la chiesa di San Barnaba e che costituì la sede di riunione per gli Operai dello Spedale.

Anche dopo l'unione dello Spedale della Misericordia con quello del Dolce, nonostante la crisi dovuta al sacco di Prato del 1512 e alle diverse ondate di peste, proseguirono i lavori e gli ampliamenti degli edifici. Nel corso del XVII secolo vennero effettuati dei lavori di accrescimento, in cui si aggiunse il dormitorio Nuovo delle fanciulle ed il refettorio, ma nel 1630 la ripresa economica cittadina venne interrotta da un’ulteriore ondata di peste che causò un lungo periodo di stasi nel complesso ospedaliero.

Solo alla fine del Seicento la graduale ripresa economica della città si tradusse con la ripresa dei lavori dello Spedale.

• Nel 1669 venne iniziato il risanamento dell’infermeria delle donne che durò fino al 1676, il nuovo altare dell’infermeria fu poi benedetto nel 1693.

• Un inventario del 1683 attesta che già a questa data, collegati all’infermeria grande degli uomini, c’erano la medicheria, la stanza dei capirotti e le zone destinate ai preti.

• Nel 1695 viene deliberata la ristrutturazione dell’infermeria maschile (ex pellegrinaio del '300): essa si trova accanto alle stanze della Spezieria che aveva anche la funzione pubblica di fornire ricette in caso di pestilenze e carestie.

Al XVIII secolo risalgono acquisti da parte dello Spedale alla Manifattura Ginori di Doccia per la fornitura di vasi da farmacia: una buona parte di questo bellissimo corredo di vasi ceramici della Spezieria, alcuni dipinti con cartigli, altri con l’immagine dell’infante fasciato simbolo dei “gettatelli”, è sopravvissuto ed è oggi esposto all’interno del Museo di Palazzo Pretorio.